Trường THCS Lê Lợi hiện nay được thành lập từ tháng 8 - 1974 với tên gọi ban đầu là trường cấp 1, 2 Lê Lợi. Quy mô của nhà trường khi đó gồm 14 CB, GV, 450 học sinh, chia thành 10 lớp do cô giáo Nguyễn Thị Hợi làm Hiệu trưởng.
Do sự phát triển của các khu dân cư đến năm học 1981 – 1982 quy mô nhà trường được mở rộng, số học sinh tăng hơn 5 lần là 2520 học sinh được chia thành 54 lớp với 68 cán bộ giáo viên. Ngày 10/8/1982 UBND Quận Ngô Quyền ra quyết định số 16 QD-UB tách trường phổ thông cơ sở Lê Lợi thành 2 trường: Trường phổ thông cơ sở Cát Bi và Trường phổ thông cơ sở Lê Lợi .
Tháng 8/1991 quyết định tách và nhập 2 trường thành trường Tiểu học Cát Bi và trường THCS Lê Lợi ngày nay.
Từ tháng 8/1975 , thầy Vũ Đình Mộc làm Hiệu trưởng.
Từ 1/7/2002 đến ngày 9/4/2003 thầy Khúc Văn Phung làm Hiệu trưởng nhà trường.
Từ tháng 4/2003 đến tháng 12/2010 thầy Nguyễn Cảnh Ân làm Hiệu trưởng
Từ tháng 01/2011 đến tháng 12/2015 thầy Nguyễn Phú Thuấn làm Hiệu trưởng
Từ tháng 01/2016 đến tháng 12/2020 cô Nguyễn Thị Mai Hương làm Hiệu trưởng
Từ tháng 01/2021 đến tháng 11/2025 thầy Lê Đức Vương làm Hiệu trưởng
Từ tháng 12/2025 đến nay cô Nguyễn Thị Mai Hương làm Hiệu trưởng.
Trải qua một chặng đường dài hoạt động giáo dục đầy gian lao, vất vả với muôn vàn khó khăn, dưới sự lãnh đạo của chi bộ Đảng, nhiều thế hệ các thầy cô giáo của trường cùng với Ban giám hiệu qua nhiều thời kì luôn kề vai sát cánh, nỗ lực cống hiến hết mình đã gây dựng cho trường có được bề dày thành tích như ngày nay. Nhiều năm liền, trường được công nhận là trường tiên tiến cấp quận, cấp thành phố. Tập thể giáo viên nhà trường với nhiệt tình nghề nghiệp và lòng say mê khoa học đã đóng góp nhiều đề tài khoa học, chuyên đề sáng kiến kinh nghiệm cống hiến cho sự giáo dục của thành phố, của ngành. Đội ngũ thầy cô giáo nhà trường luôn xứng đáng là tấm gương cho học sinh noi theo. Học sinh của trường luôn chăm ngoan, học giỏi đạt nhiều thành tích cao trong học tập và rèn luyện, dẫn đầu các kỳ thi học sinh giỏi cấp Quận, đạt nhiều giải cao cấp Quốc gia, Quốc tế, Thành phố. Đặc biệt rất tích cực tham gia các phong trào hoạt động Đoàn – Hội - Đội. Từ mái trường này, nhiều thế hệ học sinh đã trưởng thành, trở thành các nhà khoa học, sĩ quan, kỹ sư, bác sĩ, nhà giáo… Với tất cả những gì đã đạt được trong nhiều năm qua của tập thể thầy và trò nhà trường, chúng ta hoàn toàn tin tưởng ở một tương lai phát triển rực rỡ hơn nữa, hội nhập với xu hướng chung của thành phố và đất nước.